L'habitat du poisson est constitué de l'ensemble des milieux de vie qui fournissent des ressources alimentaires, des abris, des sites de reproduction (frayères) ou de croissance (aires d'alevinage) et des routes migratoires nécessaires à la survie des poissons. L'estuaire et le golfe du Saint-Laurent, les eaux côtières du Nord du Québec, les rivières et ruisseaux, les lacs, les marais, les prairies humides et les zones inondables offrent une multitude d'habitats aux poissons et autres animaux aquatiques (mammifères marins, mollusques et crustacés). Des habitats qu'il faut protéger pour maintenir les populations de poissons et soutenir de façon durable la pêche.
Afin de garantir des habitats du poisson sains et productifs, Pêches et Océans Canada a mis en place un programme de gestion de l'habitat dont le mandat est le suivant :
Si vous prévoyez effectuer des travaux dans l'eau ou à proximité, certaines exigences peuvent s'appliquer en vertu de la Loi sur les pêches. Pêches et Océans Canada a élaboré un processus en trois étapes qui vous permettra de déterminer d'éventuelles répercussions de votre projet sur les poissons et leur habitat.