GAGNÉ, J.A., 2011. Zonal Science Advisory Process on the 13th Annual meeting of the Atlantic Zone Monitoring Program (AZMP), March 22 - 24, 2011, InterContinental Hotel Montreal, Quebec ; Processus consultatif scientifique zonal portant sur la 13e réunion annuelle du Programme de Monitorage de la Zone Atlantique (PMZA), du 22 au 24 mars 2011 Hôtel InterContinental, Montréal, Québec. DFO, Canadian Science Advisory Secretariat, Proceedings series, ; MPO, Secrétariat canadien de consultation scientifique, Série des comptes rendus, 2011/036, 48 p.

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DIONNE, S., J.A. GAGNÉ, D. GILBERT, C. ROULEAU, 2011. Processus consultatif scientifique régional sur l’examen du plan de suivi écologique de la zone de protection marine Estuaire du Saint-Laurent, 3-5 Mai 2011, Institut Maurice-Lamontagne, Mont-Joli, Qc ; Regional Science Advisory Process on the Review of the St. Lawrence Estuary Marine Protected Area Ecological Monitoring Plan, Mai 3-5, 2011, Maurice Lamontagne Institute, Mont-Joli, Qc. MPO, Secrétariat canadien de consultation scientifique, Série des comptes rendus; DFO, Canadian Science Advisory Secretariat, Proceedings Series, 2011/037, 18 p.

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ROBERT, D., K. LÉVESQUE, J.A. GAGNÉ , FORTIER L., 2010. Change in prey selectivity during the larval life of Atlantic cod in the southern Gulf of St Lawrence. J. Plankton Res., 33(1): 195-200.

[Résumé disponible seulement en anglais]
This study describes the long-term seasonal and interannual variations in krill spawning using abundance of krill eggs collected during an on-going long-term monitoring program at an anchor station in the lower St Lawrence Estuary from 1992 to 2009 and data collected in the same region in 1979 to 1980. The longterm seasonal semi-monthly climatology in egg abundance revealed that krill generally reproduced during two periods, i.e. in late spring (mid-May to late June) and in late summer (August to mid-September), when phytoplankton biomass in the upper 50 m was greater than 75 mg chlorophyll a m22. The identification of krill eggs to the species level in 2007 revealed that Meganyctiphanes norvegica egg abundance was related to the biomass of phytoplankton averaged over the month prior to sampling, corresponding to the duration of one spawning cycle (two intermolt periods) known for this species. Overall krill egg abundance varied significantly between years, showing high abundance every 3–5 years with no long-term interannual trend. The annual mean egg abundance normalized for the duration of krill spawning showed the same interannual long-term pattern. Both egg abundance indices were independent of the annual phytoplankton biomass, indicating that interannual variations in krill spawning biomass would be the most likely candidate to explain interannual variability in egg abundance. We propose that such normalized annual egg abundance based on high-resolution seasonal sampling could be a useful index of interannual variations in krill spawning biomass which is otherwise difficult to sample.

BENOIT, D., Y. SIMARD, J. GAGNÉ, M. GEOFFROY, L. FORTIER, 2010. From polar night to midnight sun : photoperiod, seal predation, and the diel vertical migrations of Polar Cod (Boreogadus saida) under landfast ice in the Arctic Ocean. Polar Biol., 33(11): 1505-1520.

[Résumé disponible seulement en anglais]
The winter/spring vertical distributions of polar cod, copepods, and ringed seal were monitored at a 230-m station in ice-covered Franklin Bay. In daytime, polar cod of all sizes (7–95 g) formed a dense aggregation in the deep inverse thermocline (160–230 m, –1.0 to 0 °C). From December (polar night) to April (18-h daylight), small polar cod <25 g migrated into the isothermal cold intermediate layer (90–150 m, –1.4 °C) at night to avoid visual predation by shallow-diving immature seals. By contrast, large polar cod (25–95 g), with large livers, remained below 180 m at all times, presumably to minimize predation by deep-diving mature seals. The diel vertical migration (DVM) of small polar cod was precisely synchronized with the light/dark cycle and its duration tracked the seasonal lengthening of the photoperiod. The DVM stopped in May coincident with the midnight sun and increased schooling and feeding. We propose that foraging interference and a limited prey supply in the deep aggregation drove the upward re-distribution of small polar cod at night. The bioluminescent copepod Metridia longa could have provided the light needed by polar cod to feed on copepods in the deep aphotic layers.©2010 Springer

SIROIS, P., G. DIAB, A.-L. FORTIN, S. PLOURDE, J.A. GAGNÉ, N. MÉNARD, 2009. Recrutement des poissons dans le fjord du Saguenay;Fish recruitment in the Saguenay Fjord. Rev. Sci. Eau;J. Water Sci., 22(2): 341-352.

La faune ichtyologique du fjord du Saguenay est composée de plus de 60 espèces de poissons marins, diadromes et dulcicoles dont plusieurs font l'objet d'une pêche récréative comme l'éperlan arc-en-ciel anadrome (Osmerus mordax), le sébaste (Sebastes spp.), la morue franche (Gadus morhua), la morue ogac (Gadus ogac) et le flétan du Groenland (Reinhardtius hippoglossoides). On ignore si le recrutement des poissons marins exploités par la pêche récréative dans le Saguenay dépend de la production des stocks locaux ou des échanges avec les populations de l'estuaire du Saint-Laurent. Nous avons donc étudié la distribution spatio-temporelle de l'ichtyoplancton dans le fjord du Saguenay afin d'identifier les zones de production, de rétention et d'advection larvaires dans le but d'y préciser les mécanismes de recrutement des stocks de poissons. Lichtyoplancton a été échantillonné à 21 stations sur le fjord du Saguenay à six occasions, de mai à octobre 2004, et à cinq occasions, de juin à septembre 2005. Les résultats montrent que le recrutement du capelan et de l'éperlan arc-en-ciel anadrome repose sur la production et la rétention des larves dans le fjord du Saguenay. Cependant, le recrutement des sébastes et des morues dépendrait de l'immigration de juvéniles en provenance de l'estuaire du Saint-Laurent. Ces résultats sont supportés par une revue des résultats des études antérieures sur les poissons du fjord du Saguenay. Létude des mécanismes de recrutement des stocks de poissons du fjord du Saguenay favorise l'exploitation durable de ces ressources halieutiques conformément à la mission de Pêches et Océans Canada et dans le respect du programme de conservation du parc marin du Saguenay-Saint-Laurent.©2009 RSE inc.

CYR, C. (éd.), H. BOURDAGES (éd.), GAGNÉ, J.A. (président), 2008. Évaluations de l'oursin vert de la Côte-Nord de l'estuaire du Saint-Laurent en 2008, 16 octobre 2008, Institut Maurice-Lamontagne ; Assessments of the green sea urchin stock of north shore of the St. Lawrence estuary in 2008, October 16 2008, Maurice Lamontagne Institute. MPO, Secrétariat canadien de consultation scientifique, Série des comptes rendus ; DFO, Canadian Science Advisory Secretariat, Proceedings Series, 2008/026, 16 p.

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Ce document renferme le compte rendu de la réunion tenue sur l’évaluation des stocks d’oursin vert de la côte nord de l’estuaire du Saint-Laurent dans le cadre du processus régional d'évaluation des stocks de la région du Québec suite à la saison de pêche 2008. Cette revue s’est déroulée le 16 octobre 2008 à l'institut Maurice-Lamontagne, à Mont-Joli. Lors de cette rencontre, l'assemblée a revu l'état des stocks d’oursin vert exploités commercialement dans la zone 9 sur la Côte-Nord ainsi que certains paramètres environnementaux qui prévalaient lors du déroulement des dernières saisons de pêche. Ce compte rendu contient donc l'essentiel des présentations et des discussions tenues et fait état des principales recommandations et conclusions émises au moment de la revue.

LACOSTE, K.N., J. MUNRO, M. CASTONGUAY, F.J. SAUCIER, J.A. GAGNÉ, 2001. The influence of tidal streams on the pre-spawning movements of Atlantic herring, Clupea harengus L., in the St. Lawrence estuary. ICES J. Mar. Sci., 58: 1286-1298.

GAGNÉ, J.A., 1999. Proceedings of the National Marine Mammal Review Committee, Montreal, Quebec, February 1-5, 1999. DFO, Canadian Stock Assessment Proceedings Series, 99/14.

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[Résumé disponible seulement en anglais]
DFO's National Marine Mammal Review Committee (NMMRC) met in Montreal from February 1 to 5 to address various issues on seals and whales from the Atlantic, Arctic and Pacific oceans. Thirty two participants discussed and evaluated research reports and provided specific advice on several topics. Three were invited experts from outside Canada while the others were from Canadian and provincial governments, the Fisheries and Research Conservation Council, The Nunavut Wildlife Management Board, The Makivik Society, sealing communities and two private research groups (Groupe de Recherche et d'Éducation sur le Milieu Marin and International Marine Mammal Association). The agenda, list of participants and documents tabled at the meeting are presented in annexes I to III.

GAGNÉ, J.A., 1999. Mammifères marins du Canada : quelques faits saillants. Naturaliste can., 123(3): 69.

GAGNÉ, J.A., 1999. Compte rendu : atelier de travail sur les sites d'intérêt identifiés en vue de la désignation d'éventuelles zones de protection marines pilotes tenu à Mont-joli (Québec), les 15 et 16 septembre 1998. DFO, Canadian Stock Assessment Proceedings Series, 99/22.

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[Résumé disponible seulement en anglais]
DFO's National Marine Mammal Review Committee (NMMRC) met in Halifax on 30 November 1998 to review some issues on grey and harp seals in Eastern Canada. This was immediately followed by a four-day international workshop to access ways of incorporating estimates of fish consumption by seal into Canadian Atlantic groundfish stock assessments. This report briefly summarises both meetings.

MUNRO, J., D. GAUTHIER, J.A. GAGNÉ, 1998. Description d'une frayère de hareng (Clupea harengus L.) à l'île aux Lièvres, dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat., 2239, 34 p.

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Des opérations d'exploration par vidéo sous-marine, par échantillonnage à la benne et au grappin ainsi que par plongée, effectuées du 31 mai au 23 juin 1987, ont permis de localiser une frayère de hareng située du côté nord-ouest de la pointe amont de l'île aux Lièvres, dans l'estuaire moyen du Saint-Laurent. La frayère avait une longueur d'environ 1600 m et une largeur variant entre 50 et 250 m, couvrant une superficie d'environ 285 900 m² entre les isobathes de 0 et 5 m. Le site de fraye était caractérisé par un substrat de cailloux et de galets, par la présence d'algues macrophytes (Odonthalia dentata, Phycodrys rubens) et par un courant de marée pouvant dépasser 1,5 m.s^-1. L'examen de l'évolution du développement des oeufs indique que la date d'éclosion se situerait entre le 9 et le 12 juin; au taux de développement fixé par la température locale de l'eau, le rétrocalcul de la date de fraye donne comme résultat la période du 21 au 24 mai. Le pourcentage des oeufs morts était faible avant et pendant l'éclosion (13 %) et a augmenté considérablement après l'éclosion (53 %). Le nombre d'oeufs déposés sur le site fut estimé à 1,65.10¹², correspondant à une abondance de quelque 94,8 millions de géniteurs ou une biomasse de 14 321 t.

DUTIL, J.-D., M. CASTONGUAY, M.O. HAMMILL, P. OUELLET, Y. LAMBERT, D. CHABOT, H. BROWMAN, D. GILBERT, A. FRÉCHET, J.-A. GAGNÉ, D. GASCON, L. SAVARD, 1998. Environmental influences on the productivity of cod stocks : some evidence for the northern Gulf of St. Lawrence, and required changes in management practices. DFO, Canadian Stock Assessment Secretariat, Research Document, 98/18, 42 p.

SAVARD, L., J.-A. GAGNÉ, 1997. L'état des ressources marines de l'estuaire et du golfe du Saint-Laurent. Pages 141-153 in L. Lauzon, H. Dion & C.E. Delisle (éd.). Le Saint-Laurent pour la vie : actes du 21e congrès de l'Association des biologistes du Québec (Collection Environnement de l'Université de Montréal, 23).

GILBERT, M., D. GAUTHIER, J.A. GAGNÉ, Y. GRATTON, P. LAROUCHE, B. MORIN, R. MORIN, J.A. PERCY, T.G. SMITH, G.-H. TREMBLAY, G. WALSH, 1996. Hypothèses reliées aux effets environnementaux du projet Grande Baleine sur l'écosystème marin côtier du sud-est de la baie d'Hudson. Rapp. tech. can. sci. halieut. aquat., 2127, 67 p.

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La réalisation éventuelle du projet de développement hydroélectrique Grande Baleine pourrait avoir des indices biophysiques significatives sur le milieu marin côtier du sud-est de la baie d'Hudson. Le présent document documente les résultats des discussions d'un groupe de travail formé de personnel scientifique du MPO - Région Laurentienne qui a cerné, sous la forme d'hypothèses et de propositions de recherche, certains aspects environnementaux lies à la réalisation du projet Grande Baleine. Ces aspects concernent principalement l'océanographie physique, chimique et biologique du sud-est de la baie d'Hudson, ainsi que la biologie de certaines espèces importantes de poissons et de mammifères marins peuplant cette région. On y présente également une description sommaire des aménagements hydroélectriques actuels et projets dans le bassin hydrographique des baies James et d'Hudson, ainsi qu'une synthèse des activités de recherche et des connaissances acquises à ce jour sur le milieu marin de cette région.

CAMPANA, S.E., J.A. GAGNÉ, 1994. Differentiation of 4T and 4Vs cod using otolith elemental fingerprints. MPO, Pêches de l'Atlantique, Document de recherche, 94/27, 14 p.

Les éléments-trace incorporés dans la surface de croissance des otolithes (os de l'oreille) de poisson proviennent essentiellement des eaux avoisinantes, et reflètent donc la composition du milieu ambiant. Comme les otolithes ne cessent de croître durant la vie du poisson et que les matières qui les composent ne se résorbent pas une fois déposées, les populations de poisson qui grandissent dans différentes masses d'eau devraient produire des otolithes de composition différente. Or, cette composition des otolithes (caractérisation), établie à l'aide d'une forme particulièrement précise d'ICPMS, s'est avérée un moyen efficace de différencier les stocks de morue adjacents les uns aux autres, produisant une classification selon la méthode jackknife exacte à 100 % en ce qui a trait à la majeure partie du stock de la division 4T de l'OPANO (secteur ouest) et à la sous-division 4Vs de l'OPANO. Les échantillons prélevés dans le secteur est de 4T différaient sensiblement de ceux du secteur ouest, donnant à penser que la morue du golfe du Saint- Laurent ne constitue pas nécessairement un stock unitaire. La classification des échantillons provenant de la pêche d'hiver dans 4Vs à proximité de Stone Fence (4Vsc) révélait une forte prépondérance de poissons de l'est du Golfe et l'absence virtuelle de poissons dans l'ouest du Golfe. Si la migration saisonnière de la morue de 4T hors du Golfe est limitée par la distance, la morue de l'est de 4T et de 4Vn peut s'aventurer beaucoup plus loin dans 4Vs que celle de l'ouest de 4T. Il convient donc de s'interroger sur la validité du caractère de stock unitaire en ce qui concerne l'unité de gestion de la morue de 4Vn (mai-décembre).

ROBINEAU, B., J.A. GAGNÉ, L. FORTIER, A. VILLENEUVE, 1993. Co-distribution of the toxic dinoflagellate Alexandrium excavatum and fish larvae in the northwest Gulf of St. Lawrence. Pages 323-327 in T.J. Smayda & Y. Shimizu (ed.). Toxic phytoplankton blooms in the sea. Elsevier.

PONTON, D., J.A. GAGNÉ, L. FORTIER, 1993. Production and dispersion of freshwater, anadromous and marine fish larvae in and around a river plume in subarctic Hudson Bay, Canada. Polar Biol., 13: 321-331.

BRADFORD, R.G., J.A. GAGNÉ, 1992. Juvenile Atlantic cod (Gadus morhua) in the northern Gulf of St. Lawrence. Page 92 in Y. De Lafontaine, T. Lambert, G.R. Lilly, W.D. McKone & R.J. Miller (ed.). Juvenile stages : the missing link in fisheries research : report of a workshop. DFO (Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci., 1890).

KOUTSIKOPOULOS, C., L. FORTIER, J.A. GAGNÉ, 1991. Cross-shelf dispersion of Dover sole (Solea solea) eggs and larvae in Biscay Bay and recruitment to inshore nurseries. J. Plankton Res., 13: 923-945.

GAGNÉ, J.A., J. LAMBERT, F. MONGEAU, L. FORTIER, 1991. Population dynamics of herring in the St. Lawrence Estuary : a test of the Member/Vagrant hypothesis. Pages 103-106 in Proceedings of the International Herring Symposium, Anchorage, Alaska, USA, October 23-25, 1990. University of Alaska, Alaska Sea Grant College Program (Alaska Sea Grant report, 91-01).

ROBINEAU, B., J.A. GAGNÉ, L. FORTIER, A.D. CEMBELLA, 1991. Potential impact of a toxic dinoflagellate (Alexandrium excavatum) bloom on survival of fish and crustacean larvae. Mar. Biol., 108: 293-301.

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ROBINEAU, B., L. FORTIER, J.A. GAGNÉ, A.D. CEMBELLA, 1991. Comparison of the response of five larval fish species to the toxic dinoflagellate Alexandrium excavatum (Braarud) Balech. J. Exp. Mar. Biol. Ecol., 152: 225-242.

LEGENDRE, L., K. JUNNIPER, D. BOOTH, A. CEMBELLA, Y. DE LAFONTAINE, J. GAGNÉ, W.G. HARRISON, S. ROY, B. SAINTE-MARIE, A. SINCLAIR, R. TRITES, A.F. VÉZINA, 1991. Rapport de l'atelier de travail sur l'océanographie biologique. Pages 23-30 in J.-C. Therriault (éd.). Le golfe du Saint-Laurent : petit océan ou grand estuaire? Ministère des pêches et des océans (Publ. spéc. can. sci. halieut. aquat., 113).

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À la demande du Sous-ministre adjoint (SMA) des Sciences, M. L.S. Parsons, un atelier national sur le recrutement a été tenu par le secteur des Sciences du Ministère des Pêches et de Océans (MPO). Cet atelier avait pour objectif de contribuer à l'élaboration d'un plan ministériel pour la recherche sur le recrutement qui sera réalisée à l'avenir. Des exposés sur la recherche connexe au recrutement effectuée au Ministère ont été présentés au cours de la première journée, les participants se sont répartis en six groupes de travail multidisciplinaires pour traiter de l'un des trois problèmes particuliers au recrutement. Des groupes ont été formé afin d'accroître les intéractions entre les scientifiques des diverses disciplines. L'atelier s'est terminé par une discussion générale animée par les commentaires de chacun des experts invités de l'extérieur du minitère. Le comité directeur (rédacteurs) s'est ensuite réuni et a rédigé le présent rapport difinitif qui comporte une liste des généralisations et des recommendations soumises à la haute direction pour examen.

GRATTON, Y., G. MERTZ, J.A. GAGNÉ, 1988. Satellite observations of tidal upwelling and mixing in the St. Lawrence Estuary. J. Geophys. Res. (C Oceans), 93(C6): 6947-6954.

CAMPANA, S.E., J.A. GAGNÉ, J. MUNRO, 1987. Otolith microstructure of larval herring (Clupea harengus) : image or reality?. Can. J. Fish. Aquat. Sci., 44: 1922-1929.

GAGNÉ, J.A., K.H. MANN, 1987. Evaluation of four models to estimate kelp productivity from growth measurements. Mar. Ecol. Prog. Ser., 37: 35-44 .